友谊都是用鲜血凝成的？清朝到底是如何一步步征服蒙古各部的？

满清为何能征服蒙古？

满清能征服蒙古源于优异的地缘政治优势

明朝设立九镇基本位于北京到嘉峪关的长城一线，属于防守战略态势，不利于转入进攻态势，明朝进攻时蒙古各部北撤逃逸难以深入追击无法消灭控制蒙古有生力量；

满清所处的大明奴儿干都司位于东北白山黑水之间，军队可以直接攻入蒙古呼伦贝尔大草原，控制漠南最肥沃的草场掐住蒙古命门。

内蒙古呼伦贝尔大草原自匈奴时代起就是草原民族的生息地，匈奴左贤王部世居此地，漠北大战冠军侯消灭的七万匈奴主力即来自呼伦贝尔，成吉思汗也出生于此，明朝大将蓝玉在此地捕鱼儿海歼灭了北元精锐俘虏了北元皇族；

呼伦贝尔大草原拥有1.49亿亩肥沃草场，是蒙古人赖以生存的家园，蒙古族在此发展壮大后逐步向外开拓，建立了强悍的蒙古帝国，因此呼伦贝尔大草原是蒙古人的根据地大后方；

综上所述，满清强大后向西进军直接进入呼伦贝尔大草原，掐住了蒙古人的命脉，从而征服了蒙古部落！

满清收服蒙古的方法很简单，说白了就是胡萝卜加大棒，对于臣服的就给胡萝卜，对于不听话的就拿大棒子恨恨的揍。

具体主要有三招，第一招是联姻，第二招是建旗，第三招是征讨。

清朝初期，蒙古分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三大块，这三大块每一块都有很多小部落。这些蒙古部落之间也经常争斗，小部落为了生存和强势部落联盟是正常现象。

努尔哈赤统一女真各部，建立后金，攻占了明朝大片土地，实力变强后，主动向各蒙古部落抛去橄榄枝。一批蒙古部落投靠了后金，这其中最坚定的同盟就是科尔沁部落。成为同盟后，后金通过联姻加强与这些蒙古部落的关系。

为了加强对归附蒙古部落的控制，同时增强后金军事实力，皇太极在干掉察哈尔后，在蒙古部落建旗，建旗后的蒙古部落，真正成了满清的一部分，和内地行政区一样。蒙古八旗主要建在漠南蒙古部落，漠北蒙古和漠西蒙古归附的蒙古部落属于藩部，有高度自治权。

满清收复蒙古主要有三场大仗。第一场是皇太极征服林丹汗，第二场是康熙亲征葛尔丹，第三场是乾隆灭准噶尔。

林丹汗是成吉思汗的后裔，察哈尔部的首领。皇太极采取分化瓦解的方法孤立察哈尔。1632年皇太极率大军和归附的蒙古部落军队会合，攻击林丹汗。被击败的林丹汗逃到青海，不久病死。林丹汗死后，他的媳妇，儿子返回河套地区，1635年，皇太极派多尔衮再征察哈尔部，林丹汗的媳妇和儿子投降。

察哈尔、喀尔喀和准噶尔是三个比较强的蒙古部落，察哈尔被灭掉后，大清下一个目标就是喀尔喀，喀尔喀害怕，第二年臣服大清。

葛尔丹是准噶尔汗国的首领，他想统一蒙古各部，成就成吉思汗的辉煌，于是勾结沙俄，屡犯大清，成为大清最大的隐患。

康熙通过《中俄尼布楚条约》做出适当让步，杜绝了沙俄背后支持葛尔丹。然后集中精力，三次亲征葛尔丹，在乌兰布通破葛尔丹的骆驼阵，在昭莫多击败葛尔丹主力，葛尔丹逃跑，众叛亲离，最后自杀。

葛尔丹死后，准噶尔消停了几年，到雍正朝，葛尔丹的后代又开始捣乱。雍正两次征准噶尔，第一次派的是年羹尧，取得胜利，第二派傅尔丹，失败。雍正军事能力差，不敢再征。

到了乾隆朝，准噶尔内乱，乾隆看到了难得的灭掉准噶尔的机会，在大臣普遍反对的情况下，乾纲独断，出兵攻打准噶尔，一共出兵三次，前两次都效果不佳，而且损失惨重，第三次出兵很顺利，彻底灭掉了准噶尔。

从诞生人类文明以来，中原地区的农耕文明和北方的草原部落就成为一对相爱相杀却难以分离的冤家。中原王朝强盛时，王朝军队，追亡逐北，将游牧民族打的狼奔豸突；当中原王朝衰落时，北方的游牧民族就会趁机南下劫掠，甚至直接在中原地区建立少数民族的政权。

当然，由于游牧民族单一的生活来源和严酷的生存条件，其兴也勃焉，其亡也忽焉，到明末清初之际，北方的游牧民族已经换了多茬，历经匈奴、鲜卑、突厥、契丹等诸多不同的民族，进入蒙古统治时期。

但明末之际，蒙古已经不再是成吉思汗横扫天下的时代，蒙古已经从巅峰衰落，蒙古诸部也日益分化严重。而此时，生活于白山黑水之间的东北女真部落，在努尔哈赤的率领下迅速崛起，并建立了新的渔猎民族政权——后金。

努尔哈赤在不断对衰落的明朝作战的同时，采取了联合蒙古各部的措施。他通过联姻、结盟和武力等多种方式，不断对于蒙古各部进行拉拢，也取得了不小的成果，不断有蒙古部落臣服后金。努尔哈赤死后，皇太极继位。

皇太极充分的展现出一个成熟政治家的手段和谋略，皇太极通过对蒙古诸部的远交近攻，将当时蒙古诸部中的黄金家族的直系后裔，最具正统地位的蒙古左翼察尔部林丹汗孤立，并最终迫使孤家寡人的林丹汗离开察哈尔，率部西征漠南右翼。

公元1632年，趁林丹汗内焦外困之际，皇太极果断率领八旗和臣服的蒙古各部远征林丹汗，并长驱直入一直打到河套地区。林丹汗接连战败，被迫退往青海，并最终死在了甘肃。从此，蒙古草原水草最为丰美的漠南地区，成为后金的统治范围。

公元1636年，漠南蒙古16部49个领主聚集在后金都城盛京（今沈阳），共同拥戴皇太极为蒙古共主，并将其尊称为“博格达·彻辰汗”。从此，后金（清）政权不但在事实上，也在法理上成为了漠南蒙古的统治者，这也为满清八旗最终入主中原，消除了后顾之忧。

当然，此时的蒙古，并不仅仅只有漠南蒙古这一部分，同时存在的，还有位于漠北的喀尔喀蒙古，位于西域地区的卫拉特蒙古。而卫拉特蒙古则分为了远在伏尔加河流域的土尔扈特部、和硕特部、杜尔伯特部等，同时还有在中亚和新疆地区崛起的准噶尔部。

而无论是漠北还是漠西蒙古，都并未表现出对于清朝的臣服。因此，在清兵入关并最终坐稳天下之后，清朝的康熙皇帝开始将目光转向了漠西和漠北蒙古，决定建立真正大一统的国家。

清廷先是平息了腾机思的反叛，向喀尔喀蒙古展现了清军强大的军事威力，与此同时，在经济封锁的同时，也对其恩威并施，最终迫使喀尔喀蒙古在1650年向清廷求和。再加上葛尔丹多次出征喀尔喀部，试图将喀尔喀纳入准噶尔的统治之下，喀尔喀蒙古不得不多次向清廷求援。

1691年，康熙皇帝亲自召集喀尔喀蒙古各部首领在多伦诺尔地区举行会盟，包括哲布尊巴丹、土谢图汗、札萨克图汗、车臣汗在内的35名喀尔喀蒙古首领与康熙皇帝达成协议：遵守清朝法令，结束内部纷争，改革官制，设旗编佐，喀尔喀蒙古正式并入了清朝。从此，开始于皇太极崇德年间的九白之贡（一头白骆驼，八匹白马），也成为喀尔喀蒙古的惯例。

不过对于清廷而言，此时最大的敌人，是位于漠西逐步崛起的蒙古准噶尔部。此时的准噶尔部在其一代雄主葛尔丹的率领下，不断征服周边的部落和民族，并展现出了统一蒙古各部的野心。

公元1688年，在漠北蒙古被准噶尔部入侵之后，康熙皇帝决定派大军迎击准噶尔部。康熙皇帝先后三次亲征葛尔丹，并最终在昭莫多歼灭葛尔丹主力，葛尔丹几乎仅以身免，准噶尔部的主力损失殆尽。整个准噶尔部也从此一蹶不振。

但是，准噶尔部依然没被康熙灭亡，直到康熙的孙子乾隆年间，包括整个准噶尔部在内的卫拉特蒙古才最终被清廷统一，新疆地区也纳入了清朝的统治范围。同样在乾隆年间，不堪沙俄欺凌的蒙古土尔扈特部，在首领渥巴锡的率领下离开伏尔加河东归，被乾隆皇帝安置在新疆一带，从此，蒙古诸部被清朝彻底收服。

向敬之

清朝蒙古分为内属蒙古与外藩蒙古，实行盟旗制与札萨克制。内属蒙古各旗由朝廷任命官员治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地世袭札萨克管理，有一定自治权，又分为内札萨克蒙古和喀尔喀四部、青海蒙古和伊犁准部等，在中央则由理藩院统管蒙古事务。

清朝自努尔哈赤起兵起，就对蒙古采取不同的征服方式。

1．万历三十一年（1593），蒙古科尔沁部参加了叶赫部发起的讨伐建州九部之役，科尔沁部明安和喀尔喀部劳萨与努尔哈赤“遣使通好，自是蒙古诸贝勒通使不绝”。此后，科尔沁等先后向努尔哈赤称臣，与满洲皇家通婚。科尔沁的女人有不少成为了清朝的皇后或贵妃。如皇太极的孝端文皇后、关雎宫宸妃、永福宫庄妃，顺治帝的两任皇后，都是来自博尔济吉特氏家族。

统一漠南蒙古的皇太极

2．明末，蒙古分裂为数十个部落，以察哈尔部最强。察哈尔林丹汗继位后，控制了大漠南北的多个部落，实际上成为蒙古各部的盟主。天命十年（1624），林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。第二年，后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。皇太极继位后，三次征讨察哈尔，令喀喇沁、扎鲁特、敖汉、柰曼、翁牛特、巴林、科尔沁等部前来会师。天聪八年（1634），林丹汗病死于大草滩，察哈尔、克什克腾部众相继归降。次年四月，林丹汗之子出降，献元代传国玺“制诰之宝”，察哈尔部灭亡。皇太极还娶了林丹汗两位遗孀（即麟趾宫贵妃和衍庆宫淑妃），将她们排在初嫁他的永福宫庄妃之前，以示礼遇和恩宠。鄂尔多斯部、归化城土默特一并归降。天聪十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉来盛京朝觐，奉皇太极为蒙古大汗。皇太极称帝，置蒙古衙门统管蒙古事务，并派员前往归附的蒙古各部“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”，还制定了蒙古爵位制。

3．察哈尔部被灭亡，漠北、青海蒙古各部震动。漠北喀尔喀车臣汗硕垒及乌珠穆沁、苏尼特部落首先遣使入贡，随后多个部落首领归附清朝。

4．康熙皇帝在位期间，三次对准噶尔用兵，平定叛乱，将青海蒙古各部编为二十九旗，授以札萨克，不久设置西宁办事大臣管理青海。雍正、乾隆年间继续征战，最终灭亡准噶尔汗国，平定天山北路。乾隆三十六年（1771），土尔扈特汗渥巴锡由俄罗斯迁徙至伊犁，叩关内附。清廷以其部众为旧土尔扈特四路；以叛逃复归的土尔扈特台吉舍稜所属部众为新土尔扈特部。

清军平定准噶尔

蒙古是一个彪悍尚武的民族——曾几何时蒙古铁蹄踏遍亚欧大陆，所过之处西辽、花剌子模、西夏、金、斡罗斯、阿拉伯、吐蕃、大理、南宋等国无不臣服。明王朝是在驱逐了蒙古人之后而得到天下的，整个有明一代绝大多数时候都将蒙古作为第一大外患，蒙古瓦剌部甚至在1449年俘获了明英宗朱祁镇并一度包围北京城，1550年蒙古俺答汗再次兵围北京城。然而明朝和蒙古这对斗了两百余年的老对手都没料到崛起于东北白山黑水之间的女真人却后来居上，以致于最终直接把明朝和蒙古这对斗了两百余年的老对手来了个一锅烩，明朝和蒙古两百余年持续交锋到头来却是为女真人做嫁衣。

说起来女真人也是一个骁勇彪悍的民族——历史上女真人的祖先建立的金国与蒙古也曾是世仇，然而金国其实已是一个相当汉化的政权了，蒙古灭金后定居中原的女真人大多汉化，因此被视为汉人的一部分，只有留在东北山海关外的女真部族还较多保持着射猎传统。1387年纳哈出降明后明王朝的版图就覆盖到辽东地区。明永乐九年（1411年）至宣德八年（1433年）的20余年中女真族出身的宦官亦失哈奉明王朝之命巡视黑龙江下游，明朝在东北女真族聚居地设有辽东都司和奴儿干都司两大行政管辖机构。明朝治下的女真部族分为建州女真、海西女真、东海女真等几大分支，同明朝和蒙古比起来女真各部的实力实在有限，甚至连李氏朝鲜也不断向北蚕食女真人的土地，西部的蒙古势力最强盛的时期也曾一度向东完全控制了整个女真地区。

其实女真人的剽悍善战丝毫不弱于蒙古人，只是由于部落太小无法形成合力而已。然而明朝和蒙古持续两百多年的对立给女真人带来了机会：建州女真的爱新觉罗·努尔哈赤利用明朝和蒙古对立无暇顾及自己的时机悄然统一女真诸部。直到这时蒙古察哈尔部的林丹汗还给努尔哈赤去书声称：“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗致书水滨三万女真之主”，然而说出这番大话的林丹汗似乎忘了他并没真正统一蒙古各部：这时的蒙古人早已不是成吉思汗时代的蒙古人了，这时的蒙古已分化为喀尔喀、卡尔梅克、布里亚特、鞑靼、图瓦、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特、准噶尔、科尔沁、敖汉、察哈尔、茂明安、土默特等诸多部族。当努尔哈赤的后金大军对察哈尔部开战后不愿再受察哈尔统治的东蒙古各部纷纷倒向后金。

经过努尔哈赤和皇太极父子两代的改革已使后金（清）政权由刚开始的原始渔猎部族的联盟形态逐渐过渡成为较为成熟的国家体系，相比蒙古人单纯的游牧文明而言：这种兼具游牧渔猎民族的骁勇彪悍和强大高效的统一协调调度能力的政权其实更加强大。事实上后期的后金（清）政权已不单纯只是由建州女真后裔组成的了，不仅成功统一了女真诸部，还组建了蒙古八旗和汉军八旗，也就是说清军之中其实大量充斥着蒙古人和汉人。相比之下蒙古各部本就不统一，以致于在明军、清军中都活跃着相当数量的蒙古人，还要防备南方的明王朝，在组织协调能力上又不及清军，清军甚至还掌握了更为先进的火器技术，可以说蒙古人再怎么骁勇善战也抵挡不了这样的对手。

事实上在清太祖努尔哈赤开创后金政权之初所面临的地缘格局是相当不利的：挡在后金崛起道路正面的是明王朝，而蒙古察哈尔部的林丹汗和亲明的李氏朝鲜王朝犹如两把尖刀威胁着后金的侧翼。按说后金无论往哪个方向发展都可能遭遇另外两方势力从后方侧翼的袭击。如果将当时明朝、蒙古、后金三方博弈视为一出“新三国演义”，那么明朝地大物博、人口众多；蒙古地域广大、骑兵彪悍；后金无论从哪方面看似乎都是最弱的。然而就是看似最弱的后金却在明朝与蒙古的夹缝之间悄然壮大兴起，当时的后金利用蒙古内部的分裂格局与科尔沁等部会盟、联姻。1593年蒙古科尔沁部参加了讨伐建州的九部之役，后参加的科尔沁部明安和喀尔喀部劳萨与努尔哈赤“遣使通好，自是蒙古诸贝勒通使不绝”。1619年明朝大军在萨尔浒之战中惨败于后金的现实使明朝和蒙古这对宿敌看到了新兴的后金的力量，于是作为当时的漠南蒙古诸部名义上的宗主的察哈尔部林丹汗随即邀约了喀尔喀五部配合明朝协防铁岭，然而由蒙古和明朝组成的联军在女真人的打击下土崩瓦解，就连蒙古军队的主将齐赛诺延都成为了女真人的俘虏。天命九年（1624年）科尔沁部成为蒙古诸部中率先臣属于后金者。次年林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年）后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。这一时期后金对蒙古诸部采取政治安抚与军事打击相结合的策略：与归附自己的蒙古部落进行会盟、联姻，而集中主要精力打击身为漠南蒙古各部盟主的察哈尔部。后来的孝庄太后和她的姑姑哲哲皇后以及姐姐宸妃海兰珠都是在这时嫁入后金宫廷的。天聪九年（明崇祯八年，1635年）四月皇太极讨伐察哈尔部的林丹汗，彻底统一漠南蒙古诸部并获得元朝的传国玉玺。次年皇太极正式改女真族名为满洲，改后金国号为清，他自己则由大汗改为皇帝，此举标志着皇太极正式以汉法构建自己的国家，应该说此时他已有入主中原取代明朝的意图。

正当皇太极统治下的清王朝跃跃欲试准备入关灭明之际漠西卫拉特蒙古准噶尔部崛起了一位雄主——巴图尔珲台：他制订了《蒙古卫拉特法典》；授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔的统一文字；与喀尔喀札萨克图汗共同召开卫拉特、喀尔喀各部领主会议，由此形成了更广泛的联盟；在两次击退越境俄军后开放了和俄罗斯的贸易；向西击败哈萨克汗国。1653年巴图尔珲台吉在去世前夕以第五子僧格为继承人。其实僧格并不是一个强有力的统治者——据俄国档案记载：1668年4月6日僧格的六弟噶尔丹接见了正在准噶尔访问的俄国使者，甚至向俄国使者表达了和身为准噶尔首领的僧格和不同的意见。事实上不仅噶尔丹保持着相当的权力，其他兄弟也都或多或少对僧格不服气，他们甚至公然起兵反叛僧格。十七世纪六十年代费尽九牛二虎之力的僧格才勉强平定了叛乱，但在1671年他就被自己的两个哥哥——车臣和卓特巴巴图尔暗杀，这时僧格的三个儿子都还年幼，根本斗不过僧格那群如狼似虎又年富力强的兄弟们。噶尔丹趁机在征得老师五世达赖喇嘛的同意后在卫拉特盟主和硕特部首领鄂齐尔图车臣汗的援助下擒杀车臣，将卓特巴巴图尔赶往青海。噶尔丹随即还俗就任准噶尔部首领，西藏的五世达赖喇嘛不仅同意了他的还俗之请，还特意赐加"博硕克图"之号，使其在普遍信奉藏传佛教的蒙藏诸部中具有相当的号召力。1676年噶尔丹俘获其叔父楚琥尔乌巴什，至此在准噶尔部内部再无人能与噶尔丹争锋。次年正月二十日噶尔丹击败身为卫拉特盟主的和硕特部，昔日松散的卫拉特联盟被噶尔丹变成了事实上的准噶尔汗国。康熙十八年（1679年）七月噶尔丹领兵3万迫使吐鲁番、哈密臣服，准噶尔势力已伸展至甘州（今甘肃张掖）一带。此时由成吉思汗后裔建立的蒙古察合台汗国在新疆的统治已日渐衰败，维吾尔族的和卓势力日益强大并分为白山派和黑山派，黑山派在察合台后王伊思玛业勒支持下把白山派首领和卓伊达雅图勒拉驱逐出喀什噶尔。和卓伊达雅图勒拉被迫在中亚一带浪迹近10年，此后他从克什米尔辗转进入西藏找到五世达赖喇嘛，在五世达赖喇嘛的引荐下他前去投奔噶尔丹。康熙十九年（1680年）噶尔丹派出12万准噶尔骑兵经阿克苏、乌什等地向喀什噶尔、叶尔羌进军，准噶尔铁骑在当地白山派教徒的响应下横扫南疆，将察合台后王伊思玛业勒及其家属囚禁于伊犁，扶植和卓伊达雅图勒拉为王，称阿帕克和卓（意为世界之王）。此后准噶尔贵族统治南疆达80余年之久。1682年至1683年噶尔丹率兵进攻哈萨克的头克汗，次年噶尔丹攻占塔什干、撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐等城市，迫使哈萨克汗国臣服。1683年他又迫使乌兹别克汗国称臣进贡，噶尔丹由此称雄西域。这一时期噶尔丹还频频展开对沙俄的外交活动，试图借助沙俄的力量同清王朝分庭抗礼。

这时的噶尔丹处于全盛时期：哈萨克、喀尔喀皆为其手下败将，一时间其势力遍及中亚、蒙古草原、新疆、青藏高原等地，所控制的土地面积多达700万平方公里。放眼当时的世界也就西班牙帝国、葡萄牙帝国、奥斯曼帝国、沙皇俄国和大清帝国可以在国土面积上与准噶尔汗国一较高下，至于大英帝国得等到下个世纪才进入其辉煌时代。具体而言：这时的大清帝国在疆域面积上相比准噶尔汗国可能并无多少优势可言——也就是汉地十八省和东北关外的龙兴之地，今天的青藏高原、新疆等地当时都还不在大清帝国的统治之下。不过国土相当不代表国力相当，事实上准噶尔汗国的实力比清帝国有着相当的差距：1685年清朝治下的总人口就已超过了一个亿，而当时全世界的总人口也不到6个亿。相比之下准噶尔汗国控制下的土地多为草原和荒漠，其游牧经济相比已接受中原汉地农耕经济的清王朝具有先天的脆弱性，在战争潜力上就输了一截。《雍正王朝》中邬思道就曾说过：”西北战事看起来打的是兵马，实际上打的是钱粮是后援“。这句话其实深刻揭露了双方在后勤补给能力上的巨大差异。双方的差异还不只表现在经济层面，政治层面的差异也是显著的：这时清王朝已然接受中原王朝的中央集权政体，在经历了擒鳌拜、平三藩、平台湾等一系列事件后皇权已然高度集中；然而此时的准噶尔汗国并不是一个高度中央集权的政治实体，尽管噶尔丹在经过东征西战之后逐渐将卫拉特各部盟统一在准噶尔的号令之下，可各部盟贵族仍拥有相当的权力，因此当他们面对清朝很难形成合力，噶尔丹真正所能依靠的还是只有自己准噶尔部的嫡系部队。这时的北亚已形成了大清帝国、准噶尔汗国和沙皇俄国三足鼎立互动的局面，然而事实上当清王朝和沙俄分别从东西方崛起后准噶尔汗国已注定将扮演人类历史上最后一个游牧帝国，因为新的时代即将到来。这时的准噶尔汗国和沙皇俄国实际上处于既勾结又防备的状态：一方面噶尔丹的军事行动在一定程度上得到了沙俄的支持，然而另一方面由于沙俄的存在也使噶尔丹无法放心大胆将所有力量投入到与清朝的战争在，否则一旦失利之后沙俄就有可能转而与清朝合作夹击瓜分准噶尔。

1690年清军在乌兰布通和噶尔丹的军队对峙——准噶尔军队“以万驼缚足卧地”组成“驼城”，“士卒于垛隙发射矢铳”；而清军则“以火器为前列，遥攻中垒，声震天地”。噶尔丹被迫主动转移撤离，八月初四清军将领福全在追击过程中误中噶尔丹缓兵之计，噶尔丹率千余兵力逃出后以科布多（今蒙古吉尔格朗图）为基地恢复生机。1696年二月康熙再次御驾亲征，到了这年五月清军将领费扬古在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹，歼灭其主力，噶尔丹仅率数十骑逃遁。正当噶尔丹被清军一再重创之时他侄子策妄阿拉布坦起兵反叛，控制了北到额尔齐斯河上游、东到乌布苏湖的整个地区，从背后形成了对噶尔丹根据地科布多的包围。此时的噶尔丹已陷于两大强敌的夹击之中，在此形势之下他试图集中兵力先打败清军，再回师收拾策妄阿拉布坦，于是在1695年噶尔丹再度进兵喀尔喀。这时喀尔喀各部已归附清朝，于是康熙再次御驾亲征，这时的噶尔丹已只有3万人马，最终不敌康熙的20万大军，连噶尔丹的大妃阿奴也在此战中战死。策妄阿拉布坦趁机夺取了噶尔丹控制下的哈密，彻底切断了他的归路。在经历一年的逃亡生涯后噶尔丹于1697年3月13日在阿尔泰的阿察阿穆塔台服毒自杀。次年9月策妄阿拉布坦遣使清朝，将噶尔丹的尸体献给清朝以示臣服。这充分证明了双方在政治层面的差异——与其说噶尔丹是被清朝康熙皇帝打败的，不如说是被来自准噶尔内部的反对势力打败的，这也验证”堡垒往往是从内部攻破“的说法。事实上噶尔丹的败亡并不意味着准噶尔汗国的失败——策妄阿拉布坦只是暂时臣服于清朝，这更多的只是一种权宜之计，事实上策妄阿拉布坦仍延续着噶尔丹时代的对外扩张政策：1699年策妄阿拉布坦派遣自己的弟弟弟策凌敦多布西征，迫使哈萨克向准噶尔臣服。在康熙五十四年、五十八年他两次击败入侵的沙俄军队。随着实力的提升策妄阿拉布坦不愿再臣服于清朝：在康熙五十四年(1715年)他派兵袭击哈密北境五寨，两年后他又派遣台吉大策凌敦多布率6000军从伊犁河谷出发，经过和田，攻占拉萨，杀拉藏汗，在卫藏建立统治。1718年清军由川入藏，被准噶尔击败。1720年清军再次出兵入藏，这次清军成功驱逐了准噶尔军队，至此清王朝在西藏建立起自己的统治。随后清军向位于准噶尔本土的乌鲁木齐乘胜进击，但旋即因康熙皇帝驾崩而撤回。1723年策妄阿拉布坦支持和硕特部右翼首领罗卜藏丹津在青海发动叛乱，清军在年羹尧、岳钟琪率领下平定了青海罗卜藏丹津叛乱，但在乘胜攻打准噶尔本土是损兵折将。1725年雍正皇帝同策妄阿拉布坦议和——双方划分了边界并商定互相贸易。1727年策妄阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零继位。雍正趁机发军进攻准噶尔，结果大败，清军退出科布多。1735年雍正和准噶尔帝国签订和约：规定两国以漠北杭爱山为界——以东属清，以西属准噶尔。策妄阿拉布坦与其儿子噶尔丹策零统治时期（1698年~1745年）是准噶尔汗国的鼎盛阶段——管辖包括今新疆、青海、蒙古高原西部、西伯利亚南部以及中亚地区的哈萨克以及乌兹别克等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败清朝军队，使哈萨克及乌兹别克等中亚王国成为向其领土的组成部分。

1745年噶尔丹策零死后准噶尔汗国爆发内战，此后国势急转直下，一时间原本已臣服于准噶尔的哈萨克举兵反抗，东部的清军虎视眈眈，而沙俄也在这一时期加紧向准噶尔的土地渗透，国力衰颓的准噶尔不得不在各方势力之间夹缝求生。乾隆十九年（1754年）准噶尔汗国发生内乱，乾隆打算趁机对其用兵。也许是因为雍正年间的惨败给清王朝留下了太过深刻的历史教训，以致于当乾隆就征讨准噶尔汗国之事征询群臣意见时满朝文武多持否定态度。就在清廷上下议论纷纷之际时任户部尚书兼军机处大臣的富察·傅恒挺身而出力排众议并自请办理此役，早就下定决心开打的乾隆立刻开始准备同准噶尔汗国的战争。乾隆二十年（1755年）清军攻克伊犁并成功俘获准噶尔大汗绰罗斯·达瓦齐，至此同清朝康、雍、乾三代持续对立的准噶尔汗国终于被平定。此后策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳一度举兵叛乱，但于1757年被清军平定，至此历经康熙、雍正、乾隆三代人的持续打击才最终解决准噶尔问题，而随着准噶尔部的被消灭标志着清朝已基本实现对蒙古诸部的控制——除了此时已被沙俄征服的蒙古部落。乾隆三十六年（1771年）东归的土尔扈特部成为了最后一支臣服于清王朝的蒙古部落，至此昔日盛极一时的蒙古帝国最终被清朝和沙俄瓜分。清朝在使蒙古诸部臣服后如何治理蒙古部落的问题随之提上议事日程：清朝将蒙古诸部分为内属蒙古与外藩蒙古，分别实行盟旗制与札萨克制，根据部落、地域分而治之——分设札萨克旗、都统旗、总管旗、喇嘛旗进行统治。内属蒙古包括八旗察哈尔、科布多、唐努乌梁海等地，各旗由朝廷任命官员治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地的世袭札萨克管理，有一定自治权，又分为内札萨克蒙古和喀尔喀四部、青海蒙古和伊犁准部等。在外藩蒙古，以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，并对各旗札萨克进行监管。在中央，则由理藩院统管蒙古事务。

清朝对蒙古诸部的治理模式具体而言可以主要分为四类：漠南模式——作为在清军入关清就已被征服的漠南蒙古诸部一直与清皇室保持着联姻关系；漠北模式——漠北喀尔喀蒙古同时受到漠南蒙古、准噶尔部以及俄罗斯等各方面的影响，因此清王朝对其的控制力度始终不及漠南诸部，康熙二十七年（1688年）漠北喀尔喀蒙古在噶尔丹的威胁下归附清朝，此后清朝对漠北喀尔喀蒙古主要采取政治上的会盟以及推行喇嘛教等措施加以控制，使之成为防御沙俄的屏藩；青海模式——被噶尔丹打败的和硕特部进入青海建立了和硕特汗国，和硕特部和西藏的达赖政权合作共同统治青藏高原，随着准噶尔势力被清军驱逐出青藏高原之后和硕特部成为了清朝治理青海的一支重要力量；土尔扈特模式——土尔扈特部东归后清政府将巴音布鲁克、乌苏、科布多等地划给土尔扈特人作牧场，最后确定的游牧地为“渥巴锡所领之地”，也称旧土尔扈特，分东西南北四路，设四个盟，各任命了盟长；舍楞所领之地称新土尔扈特，舍楞为盟长。整个有清一代始终综合运用会盟、联姻、册封、朝贡以及推行喇嘛教等多种方式实现对蒙古诸部在政治、经济、军事、宗教等多领域的全方位控制。