清朝时期蒙古和清朝的关系是什么样的？

个人认为，清朝和蒙古的关系可以分为清早期，中期末期三个时代，总体来说蒙古各部与清政府的关系颇有不同。他们或与满族统治者联姻，或被武力征服。清代将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古。外藩蒙古又分为内札萨克蒙古和外札萨克蒙古。内札萨克蒙古归附清朝较早，多与皇室联姻，后成为今的主体部分。外札萨克蒙古多为清军征伐期间内附或被迫投降，地位在内札萨克之下，而属于外札萨克的在康熙年间经“”归附清朝。清代后期的官方文书中出现了“内蒙古”和“”的概念。“内蒙古”指内札萨克蒙古49旗，“外蒙古”指外札萨克蒙古86旗。清崇德元年设立理藩院（原蒙古衙门），属礼部，而且满文就是在蒙古文字的基础上加以改进而成的一种竖直书写的拼音文字。很可能早期的清太祖太宗朝，蒙古语是仅次于满语的通用语言。

简单的说，清早期和后金时期，主要是以联姻和征伐为主要手段，后金和入关前几乎每位宗族贝勒都娶了蒙古科尔沁部的女子，著名的如博尔济吉特氏等，而满洲的宗室女子也嫁给蒙古科尔沁的台吉，如爱新觉罗莽古济等。征伐主要是针对蒙古察哈尔部林丹汗，以及喀尔喀蒙古诸部和“炒花五大营”。因为这些部族比较强大，和大明长期保持赏贡及贸易关系，对清朝时顺实叛，清太祖太宗朝为了南下攻明，必须首先剪除西部侧翼的威胁。最终察哈尔部林丹汗死后其子前往盛京降清，林丹汗的妻女被满洲贵胄瓜分一空。正是通过不断联姻加强满洲在蒙古的势力，用不断征伐的手段促使更多的部族归顺，实现了在蒙古设立了蒙古八旗。后金的地域和兵力得到巨大的发展，蒙古诸部也成为南下入关和进击中原的一支重要力量，比如在大凌河战役和松锦大战及后来和李自成潼关大战中蒙古骑兵均发挥了重要作用。

同样后金及刚刚建立的清政权也通过占领当时蒙古的河套地区（如归化城），联合土默特等部，打击阿噜喀尔喀部，扎鲁特等部迫使其归降。从而绕开明宁锦关防线直接从侧翼深入到大明晋陕甚至宣化一带进行攻击或者劫掠，代善，多尔衮，豪格，萨哈廉，岳託，多铎，济尔哈朗，阿济格等人率兵数次从山西北部地区得胜堡，墙子岭一带攻入明境。

清朝早期入关后，对蒙古依然采取的是联姻安抚和攻伐的手段，双方婚嫁不断。后多铎平定苏尼特部腾机思、腾机特与漠北蒙车臣汗硕垒等漠北喀尔喀蒙古的叛乱，切断他们企图联合漠南蒙古共同反清的阴谋。所以清朝后金时期主要是以攻伐为主，和亲联姻为辅的方式来处理与蒙古诸部的关系。

随着清朝一统华夏，在清中前期调整对蒙古的政策，康熙帝和蒙古诸部多伦会盟，使得漠北喀尔喀三部归顺大清，将漠北纳入中国版图，从而使“蒙古部落，三皇不治，五帝不服，今已中外无别矣”，使得长城正式退出历史舞台。除了招抚外，军事打击也重要的手段之一，康熙三次亲征准格尔部葛尔丹，最终击败葛尔丹的叛乱，迫其自杀，归降了蒙古诸部，又通过不断打击趁机占据准格尔部土地的阿拉布坦，使其不断西迁南下，清朝最终在拉萨取得决定性胜利，并对西藏正式实行中央统治。

后雍正朝又对青海厄鲁特蒙古首领罗卜藏丹津和清代卫拉特蒙古准格尔部噶尔丹策零大规模用兵，直到乾隆初年与清廷议定准、喀二部牧界，并定期于肃州互市，遣使通贡不绝。之后准噶尔部上层贵族发生了争夺汗位的内讧，为了摆脱战争灾难，萨喇尔、三策凌等先后率部内迁归附，不久，归降清廷的阿睦尔撒纳，因统治厄鲁特蒙古四部的野心未能得逞，聚众叛乱清军平定准噶尔贵族分裂叛乱的战争，至此取得了胜利。清中前期对蒙古诸部继续采取联姻和安抚的政策，分封蒙古宗室爵位，并修建木兰围场及其基础上的避暑山庄，定期的与蒙古诸部王汗举行朝见和宴会，并通过宗教来安定蒙古人心，实行严格的盟旗制度来约束和分化诸部的力量。所以在清中前期和中后期，清朝对蒙古采取的是安抚，结盟，联姻和宗教为主的亲和政策为主，军事手段打击和建立严格盟旗制度为辅的措施。

清朝晚期由于内部起义及外部侵略，加之腐败无能使得清朝国力大降，但清朝晚期，蒙古诸部还算比较稳定。蒙古著名亲王曾格林沁还率蒙古骑兵南下剿灭太平天国及捻军，并在天津重挫英法联军。甚至肃王善耆以理藩院大臣的身份在蒙古地区实行设立工厂，改良马匹，兴修水利并修筑铁路等政策。直到清朝灭亡后宗社党与外蒙分裂势力勾结俄，日等国，企图建立“大满蒙帝国”。而当时民国国力弱小，军阀混战，无力北顾，外蒙在最终“实际自制”，后在苏联的无耻的“支持”下“独立”出华夏版图。所以清末对蒙古诸部的统治延续中期安抚稳定的政策，但清朝灭亡后，随着苏联和日本的崛起，外札萨克世袭的蒙古成为今天的蒙古国。

我是白龙赤子，很高兴回答你的问题。

清朝作为我国古代最后一个封建王朝，有着许多值得称赞的地方，倘若没有近代西方列强的侵入，是治理最好的封建王朝之一。清朝前期在文化、经济、政治各方面都达到了空前的发展，是我国古代的繁盛时期。当然，也包括它处理民族关系的各种措施，下面我将对清与蒙古的关系进行详细的介绍：

清初的蒙古包括漠南蒙古（内札萨克）、漠北喀尔喀（外札萨克）和漠西厄鲁特（明朝时俘虏明英宗的瓦剌）三大部。在清朝入关前，漠南蒙古已经归附清朝，漠北蒙古和漠西蒙古与清朝一直保持着臣属关系，两者保持着密切的商业往来，贸易商品主要为茶、马和骆驼。

准噶尔部是蒙古历史悠久的部落，十世纪逐渐强大起来。康熙年间，准噶尔部领袖僧格去世，其儿子噶尔丹即位，噶尔丹是一位能力出众的少数民族政治家。他即位后统一了厄鲁特四部，还占领了天山南北路，其势力扩展到青海和西藏。另外，他还与此时的沙俄勾结，夹击漠北蒙古，逼迫喀尔喀蒙古三部的南迁。

康熙三十年（1691），为了准噶尔的问题，康熙专门召开了著名的“多伦会盟”。在会议上，康熙决定在漠北与漠南实行蒙旗制，笼络了大量漠北与漠南蒙古的上层人士，孤立了噶尔丹。一年后，康熙亲征，一举打败了噶尔丹。

噶尔丹失败之后，于一年后在众叛亲离的处境中死去，漠北喀尔喀诸部又重新回到了清朝。清朝为了加强管理，设将军、参赞大臣和乌里雅苏台，巩固了在此地的统治。另外，虽然噶尔丹已经死去，但其残余势力并没有消亡，策妄阿拉布坦、噶尔丹策零等人先后发动叛乱，令清朝统治者头疼。直到乾隆二十二年（1757），清朝平定了阿睦撤纳叛乱，设立伊犁将军、参赞大臣，管理伊犁、塔城地区，巩固了清朝对西北的统治。

早在明朝末年，由于准噶尔部的欺辱，蒙古土尔扈特部被迫迁往额济勒河（也就是现在的伏尔加河），遭受沙皇俄国的残酷统治。在听到准噶尔部被消灭的消息后，土尔扈特人在其杰出领袖渥巴锡的带领下走上了东归的道路。这次东归堪称土尔扈特部的“长征”，乾隆三十六年（1771）六月回到了祖国。乾隆皇帝在避暑山庄接见了渥巴锡，给诸首领封爵，让其居住于准噶尔盆地一带，隶属于伊犁将军。

自此，终清一代，清朝和蒙古再没有发生过较大的历史事件。

结语

在处理与蒙古的关系时，清朝政治家表现出了智慧的一面，善于用蒙古内部的矛盾解决问题，对待准噶尔部就是一个典型的例证。同时，版图扩大后，清朝也设置了一系列重要机构，加强了此前蒙古统治地区的管理。只要归顺清朝的蒙古人，都被给予优厚的礼遇，土尔扈特部的回归就是这样。

首先，在上下级上，清朝时期，蒙古是属于清朝管辖的，那时候内外蒙古都是！

其次，在政策上，笼统的来说有三大政策，1、清朝对蒙古防范甚严，把蒙古封为200多个旗和盟！因为各自分散，统一不了，就不能集中有生力量，和清朝对抗！用分封来遏制蒙古！

2、南不封王、北和亲，不断派出皇帝的女儿或者是宗族的女孩子，嫁给蒙古贵族！

3、宗教，佛教密宗喇嘛的厉害，看西藏就知道了！不停的削弱斗志和人口！

除此之外，禁止不同民族通婚和移居，而且文字，也禁止用汉字以及学习汉族文化。蒙古人只能在规定的区域内活动！要想到内地，必须从指定的关口进入内地！

第三，军事――来的最快、最猛烈的！清朝对蒙古充满“屠族”性质的战争――准噶尔汗国遭到康熙、雍正、乾隆三朝，上十年的毁灭性打击后，被灭的干净，最后更进一步，乾隆会准噶尔蒙古进行屠杀，现在准噶尔只剩准噶尔盆地了！

最后希望对你有帮助！

蒙古和清朝的战争，由于教科书上不讲，所以很多人并不清楚。事实上，蒙古和清朝不仅一直都在打，而且还打了一百多年。最后蒙古被清朝和沙俄两面夹击，最终被沙俄和满清一起瓜分。被沙俄侵吞的蒙古，就变成了俄罗斯的一部分；被清朝吞并的蒙古，则成为现在的内蒙古和外蒙古。

蒙古和清朝的战争，最早要追溯到明朝。先看一张明末的局势图。

上图中用红圈圈出来的名字，都是明朝末年的蒙古部落。其中吐鲁番、叶尔羌以及印度的莫卧儿王朝，属于蒙古的察合台汗国一脉，其余的全部都是从元朝分裂出来的部落联盟。那么为什么蒙古会分裂的如此之厉害呢？这个跟明朝有一些的关系。

明朝驱逐元朝后，仿效了当年元朝打南宋的办法，既用军事手段打击蒙古，又以金钱攻势相拉拢，搞得蒙古内部离心离德，不断有人跳槽到明朝。而那些没有跳槽的部落也对大汗的领导能力不信任，纷纷自立门户。到了明末清初时，原本是一个整体的蒙古汗国就分裂成了三大块：漠南蒙古联盟、漠西蒙古联盟、喀尔喀蒙古。而这三大块又分成十几个部落联盟，每个部落联盟之下还有若干小部落。这小部落相互之间没有从属关系，互不相干，打起仗来各顾各，一点都不团结。也就是说，努尔哈赤当年兴起时，跟他同时代的蒙古部落看似人多势众，但其实是一盘散沙，连个强有力的领导人都没有。

降服漠南蒙古

漠南蒙古由于离清朝最近，所以跟清朝最早开战的就是漠南蒙古。当时漠南蒙古大致分了七八个部落联盟，各自为政。值得一提的是，漠南蒙古是有汗王的（也就是成吉思汗的嫡系子孙）。当时的汗王是林丹汗，正根的成吉思汗后裔。但是成吉思汗后裔的这个身份没有任何的卵用，根本没人鸟他。生活在外蒙古的喀尔喀蒙古不承认他的汗位；远在新疆的漠西蒙古部落跟他公开分裂；就连同处于内蒙古的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯等蒙古诸部也都不服他。所以林丹汗虽然名义上是蒙古大汗，但他的地盘仅仅只有只能察哈尔蒙古这一部而已。

这种局面对于林丹汗来说当然不能忍了，于是林丹汗发动了统一蒙古的战争。结果林丹汗忙乎了大半天，一个部落都没有被他降服，而像科尔沁等部，反倒还跑到了努尔哈赤一边，与满洲人结成了生死同盟，一起揍林丹汗。截止到努尔哈赤病死之前，漠南蒙古基本都跟满清眉目传情，就差拥戴努尔哈赤当蒙古大汗了。

努尔哈赤死后，皇太极继位。崇祯元年，皇太极一征察哈尔，在清军西征前，林丹汗就已经率部退到了内蒙古的河套，只留了一小部分人在察哈尔。这点人怎么可能抵得住清军呢？于是当年九月，满洲八旗正式吞并了蒙古察哈尔部。林丹汗失去了根据地，势力大大受挫。

被清军揍了，林丹汗就想在明朝身上把损失的再找回来。于是他大举入侵大同，杀死明朝军民数万人，差点攻占大同城，结果惹到了年轻气盛的崇祯皇帝，为后来明朝对他见死不救埋下了伏笔。

崇祯五年，皇太极二征林丹汗。临行前，皇太极传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。于是科尔沁、扎鲁特、土默特、阿鲁科尔沁等十几个漠南蒙古诸部纷纷齐集于西拉木伦河岸，总兵力约十万，与满洲八旗一同会剿林丹汗。当时林丹汗驻帐于宣府边外，听说皇太极带十几万人来找自己玩命后，非常震惊，于是率众西奔。皇太极则分兵三路穷追猛打，一直追杀了四十一天，从河北一直杀到了宁夏，硬是把林丹汗给撵到了青海。

两年后，林丹汗在青海病死。他的儿子额哲率余部从青海返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，让他移帐漠北。这个消息被皇太极知道后，立刻派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵一万，第三次远征察哈尔，趁着大雾将额哲的营帐团团包围。最后额哲抵抗不住，带着传国玉玺向八旗兵投降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部被后金降服。

皇太极得到传国玉玺后，被以额哲为首的漠南蒙古四的十九个封建主一同尊奉为『博格达彻辰汗』，也就是说，漠南蒙古人堕落到给自己找了一个满洲人当大汗。皇太极成为蒙古大汗后，于第二年将国号从金改为大清，建立了大清帝国。

后来皇太极将察哈尔蒙古诸部分化，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。三藩之乱的时候，察哈尔部的首领布尔尼举兵反清，遭到清军镇压，于是林丹汗的后裔被杀净。漠南蒙古也就再没有与清军开战了。

纵观漠南蒙古被清朝征服的过程，完全就是蒙古人自己不争气造成的。自从明朝将蒙古人赶出中原后，蒙古内部就四分五裂，如仇人一般相互攻击，结果给了清朝分化蒙古各部，孤立林丹汗的本部的机会。最终清朝杀绝了正根的黄金家族，蒙古的正统汗权被满人攫取，普天下的蒙古人也就没有自己民族的大汗了。

比较搞笑的是，蒙古人虽然打不赢满清，但是在嫁女儿这方面很成功。清朝前三任皇后都是科尔沁部落的郡主，最有名的就是孝庄皇太后了。而当八旗子弟堕落之后，漠南蒙古的骑兵部队就成了满清统治的绝对中坚力量。比如第二次鸦片战争时，僧格林沁与英法联军在八里桥血战的部队，就是科尔沁的蒙古骑兵。

瓜分喀尔喀蒙古

喀尔喀蒙古其实不是正根的蒙古，他们的祖先是札剌亦儿部，早年为了争夺牧场跟蒙古人多有征战。后来被成吉思汗七世祖海都打败，成为蒙古部的世仆。等到蒙古人征战四方后，这些人就霸占了草原，成为草原的霸主。

明朝末年，喀尔喀蒙古分化，一部分留在了草原，一部分则南下，被称为内喀尔喀。皇太极征服漠南蒙古时，内喀尔喀东部诸集团也臣服于满族，成为中国的一部分，居住于现今中国内蒙古自治区内。而草原上的喀尔喀人则只是接受了清朝的册封，没有正式归顺清朝。一直到准噶尔汗国兴起之后，受打击的喀尔喀蒙古才内迁，向清朝请求内附。

当时噶尔丹率三万准噶尔精兵突袭外蒙古蒙古本部，将喀尔喀三部打的大败。后经哲布尊丹巴呼图克图的倡议，喀尔喀蒙古举旗投清。康熙皇帝与内外蒙古各部首领，齐集于多伦诺尔举行会盟。在会盟期间，清廷宣布保留喀尔喀三部首领的汗号，实行札萨克制。成为清朝的一部分，并入清朝版图。

备注：札萨克制是一种官制，用蒙古人的话说就是执政官的意思。清代将蒙古族住区分设为若干旗，每旗旗长称为札萨克，由蒙古的亲王郡王、贝勒、贝子、公、台吉等贵族充任，管理一旗的军事、行政和司法。受朝廷的理藩院和地方将军、都统的监督。

需要说明的是，喀尔喀蒙古与并入清朝的这个过程，也正好是沙俄东扩的高峰期。当时的女沙皇叶卡捷琳娜一世在私下里就对人说：现在清国正在对准噶尔用兵，他们有求于俄国。这个时候不能让步，应该尽可能的为俄国谋得更大利益！言外之意，就是要乘清朝与准噶尔死磕的时候，乘机把喀尔喀蒙古的北部领土给吞噬掉。

当时的雍正皇帝为了打垮准噶尔，在与沙俄的谈判中放弃了很多蒙古部落的宗主权，等于白送了一大片土地给沙俄。不过还是要说明一点的就是，雍正皇帝主动割地给俄国人，并不是因为他大方，而是他觉得割出去的那些地，是蒙古人的土地。在他的眼里，自己跟沙俄签订的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》是一个瓜分条约。也就是大清与沙俄瓜分不归顺的蒙古部落的条约。

最后被瓜到清朝的喀尔喀蒙古，就是现在的外蒙古国，被沙俄瓜分的蒙古，就是现在俄罗斯的布里亚特共和国。

征服漠西

漠西蒙古主要有两类，一类是早年在新疆建立察合台汗国的蒙古人，后来这群蒙古人都被突厥化了。二是明朝末年西迁的瓦剌部落，当时这股西迁的蒙古人分为五大部群，史书上称为厄鲁特蒙古五大部。其中最著名的就是准噶尔部和土尔扈特部。但是实力最强的不是他们两部，而是和硕特部。而且该部落的首领固始汗是成吉思汗弟弟的后裔，因此和硕特部凭借实力和血统的优势，担任了漠西蒙古的老大。而当时的准噶尔还只是不起眼的小弟，名义上归顺于和硕特部领导。

皇太极暴揍林丹汗的时候，漠西蒙古受到了喀尔喀蒙古和沙俄的两面夹击，和硕特部为了寻求清朝的支持，采用了远交近攻的计策。在皇太极荣登蒙古大汗的时候，也遣使向皇太极归顺。于是，漠西蒙古也在名义上归顺了清朝。

之后，和硕特部向青藏高原发展，它原先的地盘就留给了准噶尔。于是准噶尔的大汗噶尔丹东征西讨，建立了疆域面积高达四百万平方公里的准噶尔汗国。

之后准噶尔汗国迫于生存压力（受到清朝和沙俄的两面夹击），汗王噶尔丹以成吉思汗当年创立的伟业为目标，挑起了统一蒙古诸部的战争。首先挨打的是喀尔喀蒙古，噶尔丹三万精兵就横扫了大半个喀尔喀蒙古。这也直接导致喀尔喀向清朝归顺，纳入清朝的版图。后来噶尔丹被康熙击败，准噶尔汗国与清朝的战争告一段落。

备注：噶尔丹东征喀尔喀时，他的侄子策妄阿拉赞布坦在后方篡位，断了噶尔丹的退路。导致噶尔丹没有后方支援，只能靠自己带去东征的几万人跟清军血战，最后虽然失败，但其实是输在了实力悬殊。如果是整个准噶尔跟清朝死磕，胜负难料。

噶尔丹死后，策妄阿拉赞布坦在一段时间内与清朝保持了友好关系。但是沙俄的侵蚀没有缓解，为了转移压力，策妄阿拉赞布坦向南灭掉了和硕特汗国。这一下也就挑起了准噶尔与清朝的战争。在之后的雍正和乾隆两朝，清军步步紧逼，用了三十年终于将准噶尔吞并。不过在清朝吞并准噶尔汗国的过程中，准噶尔的西北和北部领土很多被沙俄蚕食了。这些领土属于现在的哈萨克斯坦共和国的一部分。

总的来说，蒙古分成三大块。早期与清朝开战的是漠南蒙古，后来漠南蒙古的林丹汗被皇太极击败，漠南蒙古便纳入了清朝的版图内。三藩之乱时，察哈尔蒙古乘机叛乱，但后来被镇压。至于其它的漠南蒙古诸部，他们对清朝的统治还是比较拥护的。后来满州八旗的战斗力下降后，维护清朝统治的恰恰是这群漠南蒙古人。因此可以这么说，漠南蒙古是真正贯彻了清朝“满蒙一体”政策的蒙古人，属于满洲人的合作伙伴。

相比于漠南蒙古，喀尔喀蒙古和清朝的关系就要差一些了。宣统退位后，喀尔喀蒙古迅速宣布脱离中国，后来在苏联的支持下，演变为现在的外蒙古。比较搞笑的是，外蒙古一直宣称自己受到清朝的欺压，把噶尔丹视为蒙古人的骄傲。但问题是当年恰恰就是因为噶尔丹的侵略，喀尔喀才投顺清朝的。足以可见，外蒙古在很多方面都很矛盾。他们不是不想反清，而是不敢反。

最后是漠西蒙古，这一支蒙古人也分为三股势力。其中土尔扈特部被准噶尔挤走，流落到了伏尔加河下游定居，后来受到沙俄欺压，在首领渥巴锡的率领下回到清朝（还有一部分土尔扈特人留在了沙俄）。这一支漠西蒙古人与清朝没有恩怨，关系比较好。另外一部分就是和硕特部，他们与清朝的关系比较好，基本没有矛盾。现在海西蒙古族藏族自治州和巴州和硕县的蒙古人，就是这一支蒙古人的后裔。

最后就是准噶尔，绝对的清朝死敌。与清朝死磕了七十年，清朝自三藩之乱后，平定准部之前，几乎所有的大战役都是在跟准噶尔打。因此在平定准噶尔后，清军在伊犁大开杀戒。这也导致蒙古人在新疆的势力大大被削弱，维吾尔人独霸了新疆。

明代末期，蒙古分裂为数十个部落，其中以察哈尔部最强。察哈尔部的林丹汗继位后，控制了大漠南北的多个部落，实际上成为蒙古各部的盟主。而与女真人临近的科尔沁、喀尔喀等部，已时常卷入建州女真与其他各部女真的战争。

万历二十一年（1593年），科尔沁部台吉明安等人与女真叶赫、乌拉、辉发等部联合入侵建州，被努尔哈赤击败。次年，明安遣使与努尔哈赤通好。万历四十年（1612年），努尔哈赤娶明安之女为妃。之后，科尔沁、扎鲁特等部多次与努尔哈赤家族联姻。开启了近三百年的满蒙联姻。

万历四十四年（1616年）努尔哈赤统一女真各部，建立后金，使蒙古各部感到威胁。于是林丹汗与明朝结盟，联手遏制努尔哈赤的扩张。努尔哈赤则利用各部落、氏族之间的矛盾，采取招抚、利诱、通婚、胁迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。天命四年（1619年），后金在辽河大败喀尔喀蒙古军，俘获喀尔喀、扎鲁特的多位头领以及明安之子桑噶尔。次年，后金将扎鲁特部头领色本释放，并让色本立誓：“若不感恩图报，殃及臣身。”

天命六年（1621年），后金攻克明军驻守的沈阳，进而攻打辽阳。喀尔喀部乘机偷袭沈阳，试图营救被俘的斋桑诺颜，但被后金击败。于是喀尔喀部以人质、牲畜赎回斋桑。不久，喀尔喀部台吉古尔布什、莽古勒等率六百户投奔后金，努尔哈赤将其女松古图嫁予古尔布什。此后，对林丹汗心怀不满的一部分喀尔喀、扎鲁特台吉投靠努尔哈赤。

天命九年（1624年），科尔沁部首领奥巴向努尔哈赤称臣，首先归附后金。次年，林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。

天聪元年（1627年），柰曼、敖汉二部归附后金。次年，喀喇沁部归附，皇太极发兵征察哈尔。之后，扎鲁特部归附后金。天聪四年（1630年），四子部落、阿噜科尔沁部归附。天聪六年（1632年），翁牛特部归附。四月，皇太极再征察哈尔，令喀喇沁、扎鲁特、敖汉、柰曼、翁牛特、巴林、科尔沁等部前来会师。但蒙古各部多不愿与察哈尔交战，兵马“多寡不齐，迟速亦异”，有的“仅以一旅从征”。

五月，后金进军至归化城，林丹汗南渡黄河，逃往鄂尔多斯。后金俘获察哈尔数千人。次年，茂明安部、乌喇特部归附。天聪八年（1634年），林丹汗病死于大草滩，察哈尔、克什克腾部众相继归降。次年（1635年）四月，林丹汗之子额哲出降，献元代传国玺“制诰之宝”，察哈尔部灭亡，改置八旗察哈尔。鄂尔多斯部、归化城土默特一并归降。对于归附的漠南蒙古诸部，皇太极以建旗、划界等措施进行管理。至顺治时，蒙古诸部已编为旗，牧地边界固定。为防止蒙古诸旗联合，禁止越界互相往来。

天聪十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉来盛京朝觐，奉皇太极为蒙古大汗。皇太极改国号为大清，改元崇德。置蒙古衙门统管蒙古事务，并派员前往归附的蒙古各部“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”。

天聪九年（1635年）察哈尔部灭亡，漠北、青海蒙古各部震动。漠北喀尔喀车臣汗硕垒及乌珠穆沁、苏尼特部落首先遣使入贡。崇德二年（1637年），青海和硕特部首领图鲁拜琥（顾实汗）遣使入贡。三年（1638年），改“蒙古衙门”为理藩院。定土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗贡物为八匹白马与一匹白驼。次年，苏尼特部首领腾机思、阿巴噶部首领多尔济归附。

顺治九年（1652年），青海顾实汗导达赖喇嘛入觐。顺治十二年（1655年），居俄罗斯额济勒河（伏尔加河）之土尔扈特部首领书库尔岱青遣使入贡。康熙二十七年（1688年），准噶尔部噶尔丹入侵漠北，喀尔喀三部大败，土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗部举族南迁，归附清朝，被安置于漠南边内。

二十九年（1690年），噶尔丹领进兵至赤峰。清军在乌兰布通将其击退。噶尔丹退回漠北后，被其侄策妄阿拉布坦拒于科布多。三十年（1691年）五月，土谢图汗察珲多尔济、车臣汗乌默克、札萨克图汗成衮之子策旺札布、哲布尊丹巴呼图克图等赴多伦诺尔朝觐康熙皇帝，史称多伦诺尔会盟。

康熙皇帝封策旺札布为札萨克图汗。次年，理藩院将漠北喀尔喀三部编旗，授札萨克玺印。三十五年（1696年），清军三路出击噶尔丹，康熙皇帝亲率中路军进至克鲁伦河。噶尔丹西退，在昭莫多被西路清军击溃。三十六年（1697年），漠北平定，喀尔喀三部迁回故地游牧。

康熙五十五年（1716年），准噶尔汗策妄阿拉布坦派大策零敦多布领兵入西藏，次年攻占拉萨，杀死和硕特部拉藏汗。五十九年（1720年），清军将准噶尔军逐出西藏。雍正元年（1723年），青海和硕特部亲王罗卜藏丹津自号“达赖珲台吉”，举兵反清。

次年（1724年），清军平定叛乱，将青海蒙古各部编为二十九旗，授以札萨克，不久设置西宁办事大臣管理青海。雍正九年（1731年），准噶尔汗噶尔丹策零偷袭科布多，在和通泊之战中大败清军，并进东至喀尔喀。十年（1732年），噶尔丹策零在光显寺之战中被清额驸策凌击败，退回准噶尔。

乾隆十年（1745年），噶尔丹策零死，诸子争立，准噶尔陷入内乱。十八年（1753年），原臣属于准噶尔的杜尔伯特部 (绰罗斯氏)台吉车凌、车凌乌巴什、车凌蒙克率部归附清朝。次年（1754年），清军收复阿尔泰乌梁海。

同时，辉特部台吉阿睦尔撒纳被准噶尔汗达瓦齐击败，率部投奔清朝。乾隆皇帝认为消灭准噶尔时机已到。二十年（1755年），清军分两路出征准噶尔，进占伊犁，俘获达瓦齐，准噶尔汗国灭亡。

不久，定边左副将军阿睦尔撒纳发动叛乱，伊犁失陷，定北将军班第自尽。二十一年（1756年），乾隆皇帝再度调集大军平叛，收复伊犁。二十三年（1758年），阿睦尔撒纳逃奔俄罗斯，不久染天花病死。次年，清军剿除了阿睦尔撒纳残部及“玛哈沁”，天山北路底定。

乾隆三十六年（1771年），土尔扈特汗渥巴锡由俄罗斯迁徙至伊犁，叩关内附。清廷以其部众为旧土尔扈特四路；以叛逃复归的土尔扈特台吉舍棱所属部众为新土尔扈特部。